国家工程技术研究中心是国家科技发展计划的重要组成部分，是研究开发条件能力建设的重要内容，是技术集成创新、消化吸收再创新、科技成果转化的重要基地，承载着培养人才、技术创新、引领产业发展的重要使命。

“国家功能食品工程技术研究中心”的建设，将充分利用原“教育部功能食品工程技术研究中心”的研究积累，以技术创新与产业化示范为核心，针对功能食品开发、设计和制造面临的共性关键问题及行业规模发展的需要，重点在“常规食品形态保健食品制造及全程质量控制”、“特定人群食品定向开发与制造”、“膳食补充剂的微生物高效发酵与清洁生产”、“食品功能因子开发与规模化制造”四个方向进行工程技术研发、集成与产业化，并推动集成、配套的工程技术成果向全行业辐射、转移与扩散，为我国功能食品的研究开发、企业的生产和销售提供自主知识产权技术和具有市场竞争力的新产品，提升我国功能食品产业及相关领域的整体技术水平和国际竞争力。