本次评选活动根据教育部科技发展中心《关于组织2010年度“中国科技论文在线优秀期刊”评选活动的通知》和同时公布的《2010年度“中国科技论文在线优秀期刊”评选指标体系》，对截至2010年12月31日已收录在“中国科技论文在线”《科技期刊》栏目的教育部主管的期刊，就期刊的影响因子和他引率、网站收录论文数和下载量、期刊入网的完整性及期刊编委的国际化程度、开放存取等指标进行统计分析，经过专家严格评审，共评出一等奖43项，二等奖92项。

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